Las líneas de investigación pueden definirse como aquellas áreas de producción de conocimientos sostenidas en el tiempo, donde se utilizan horas de cargo docente de la Unidad Académica para realizar actividades vinculadas a la práctica científica. 

Entre las distintas líneas de investigación desarrolladas se destacan: 

• Epidemiología Ambiental. 
• Epidemiología de enfermedades transmisibles. 
• Epidemiología  de enfermedades no transmisibles. 
• Epidemiología de curso de vida. 
• Epidemiología clínica.
• Atención Médica.
• Violencia basada en género en el campo de la salud.
• Las características de la profesión médica en Uruguay.
• Dimensión sociocultural del consumo de tabaco y otras sustancias.
• Salud sexual y reproductiva.
• Sistemas de Información en Salud.
• Ciencia, tecnología y sociedad.